Cấp nước: Để đáp ứng nhu cầu sinh hoạt của con người và phục vụ phát triển kinh tế - xã hội, cả ba nguồn nước (nước mưa, nước mặt và nước ngầm) ở LVS đều được khai thác sử dụng.

Chất lượng nước: Các yếu tố tự nhiên ảnh hưởng đến chất lượng nước bao gồm địa chất, đất, địa hình, thảm thực vật, quần thể động thực vật hoang dã và khí hậu. Nhưng yếu tố quan trọng hơn gây ra các vấn đề về chất lượng nước chính là các hoạt động của con người và vấn đề sử dụng đất trong lưu vực. Quản lý LVS sẽ phải kiểm soát chặt chẽ các yếu tố này.

Kiểm soát lũ: Việc cấp nước đồng thời đảm bảo chống lũ có thể là lý do quan trọng nhất của các nỗ lực quản lý LVS. Cách tiếp cận quản lý tổng hợp LVS quan tâm đến các vùng đầu nguồn và bảo vệ các vùng đất ngập nước.

Kiểm soát bồi lắng: Sự bồi lắng có thể ảnh hưởng đến chất lượng nước, sinh cảnh, giao thông thuỷ, kiểm soát lũ và các dịch vụ du lịch, giải trí. Nó còn ảnh hưởng đến các loài cá do  bùn lắng trên lòng sông - nơi cần thiết cho chúng đẻ trứng, và che phủ các sinh vật đáy quan trọng trong chuỗi thức ăn.

Giao thông thuỷ: Các hoạt động giao thông thuỷ và dịch vụ cảng thường gây ô nhiễm môi trường nước do việc xả dầu cặn và các chất thải có nguồn gốc dầu mỡ khoáng cũng như chất thải sinh hoạt. Ngoài ra, vấn đề quan trọng nhất về mặt môi trường với các hoạt động giao thông thuỷ là sự cố tràn dầu.

Phát triển kinh tế với các công trình thuỷ điện-thuỷ lợi: Có thể thực hiện các mục tiêu phát triển kinh tế bằng việc quản lý LVS. Ở Việt Nam ngay từ những năm 80, Nhà nước đã đầu tư kinh phí xây dựng các hồ chứa để tích nước trong mùa mưa lũ và xả nước trong mùa kiệt kết hợp với phát điện, điều tiết lưu lượng dòng chảy ở hạ lưu và đẩy lùi ranh giới nhiễm mặn, đảm bảo nhu cầu cấp nước, nuôi cá, cải tạo môi trường.

Đa dạng sinh học: LVS, đặc biệt là những nơi cư trú ven sông là nơi cư trú cần thiết và đa dạng cho nhiều quá trình và nhiều loài sinh vật, đây còn là nơi cung cấp mối liên kết giữa hệ sinh thái thuỷ sinh với hệ sinh thái vùng cao. Chẳng hạn như, thảm thực vật ven sông sẽ kiểm soát nhiều cơ chế môi trường của hệ sinh thái sông, và đóng vai trò quan trọng trong việc quyết định lưu lượng, điều chỉnh dòng chảy cũng như nhiệt độ sông. Các vùng đất ngập nước cũng đóng vai trò quan trọng tương tự trong việc duy trì đa dạng sinh học và các quá trình trong LVS. Quản lý LVS có thể là công cụ được sử dụng để làm tăng số lượng động thực vật hoang dã, một nhân tố của sự đa dạng sinh thái. Mặc dù không phải là thích hợp với mọi trường hợp nhưng việc lập kế hoạch quản lý LVS có thể bao gồm những nỗ lực tránh sự suy thoái nơi cư trú của các loài động thực vật hoang dã nguy cấp.

Cá và các sinh vật thuỷ sinh khác: cần có các hoạt động quản lý LVS để làm giảm các ảnh hưởng và cải thiện, bảo tồn loài cá cũng như các sinh vật thuỷ sinh khác.

Bảo tồn sinh cảnh: các LVS khi được bảo vệ tốt sẽ phục vụ cho nhiều mục đích như giải trí, bảo vệ sinh cảnh hoang dã, lọc nước và lưu giữ nước.

Giải trí-du lịch: Nước cấp cho các hoạt động giải trí-du lịch có thể được tăng cường bằng việc quản lý LVS. Chẳng hạn như, các hoạt động quản lý LVS ở phía hạ lưu sẽ giúp đảm bảo cấp nước đầy đủ và bảo vệ chất lượng nước, ngoài ra còn có thể đem lại lợi ích cho các hồ chứa, làm tăng giá trị của chúng đối với các hoạt động giải trí như bơi thuyền và câu cá.